1.未及时清理更换易损件;
2.硬件使用不当;
3.仪器本身使用和配置不适当;
各类分析仪器在结构、功能、应用等方面存在着很大的差异，但经常出现的问题以及维修方向仍存在着一些共性。其共同之处在于：“仪器本身各固定部件很少发生故障，只有用户经常接触的地方才容易发生故障”。
以下分别谈谈气质联用仪的常见故障及常用维修：
可将气质联用仪视为毛细管柱气相色谱仪与质量检测器的结合体，其经常出现的问题也是二者兼而有之。其主要表现为漏气所造成的抽真空异常。有问题的地方是毛细管柱进入质谱腔的接口和打开质谱腔时的密封环，而毛细管柱进入质谱腔的接口是密封松散。
二手气质联用仪维护要注意的是：
1.伸入质谱室的长度不合适，过长或过短都不合适;
2.垫圈应松紧适中，过松会有漏气隐患，过紧则会压碎垫圈;
清洁离子源时，打开空腔后，密封不良：
门缝(岛津门缝和安捷伦门缝)上的密封圈，只要沾上一点肉眼无法察觉的细小细丝，就会导致漏气。此时一般操作手册要求的是戴上尼龙手套清洗干净，但这对于处理离子源非常重要，而对于处理密封圈则不戴手套效果更好。若换上柱子或清洗离子源后，抽气率与平时相差过大，就要首先考虑是否安装不当漏气问题，提前冷却关闭处理。
还有一种情况可能会导致严重的后果：没等温度降到室温就急着拆离子源，曾经有案例发生过在热的时候拆，冷的时候装不回去的情况。二手气质联用仪维护就试验情况而言，主要还是污染问题。对进样口和柱子的污染处理与普通气相一致，至于质谱检测器，一般而言，超过80%的污染是在离子源部分。